姑苏区政协内部设置“六委一办”，均为正科级建制。即政协提案委员会、经济科技委员会、社会事业委员会、古城保护委员会（城乡建设委员会）、文化文史委员会、联络委员会等6个专门委员会和区政协办公室（研究室）。区政协办公室（研究室）内设秘书科、综合科，均为正股级建制，2020年设立“政协委员联络服务中心”。

区政协机关现设党总支1个，党总支下设2个党支部，共有党员20名，均为机关在职党员。2019年，根据上级政协要求，经会商区委组织部，单独设立5个专委会履职党支部，共有党员委员139名。